Mercedes-AMG CLE 646 Spezialanfertigung bukan sekadar varian dengan sejumlah komponen performa tambahan. Model ini lahir dari proyek engineering AMG yang berangkat dari sebuah pertanyaan berbeda: seberapa jauh sebuah Mercedes-AMG CLE dapat direkayasa kembali apabila seluruh kendaraan diperlakukan sebagai sebuah sistem yang harus dibentuk ulang untuk memenuhi kebutuhan tertentu. Dari gagasan tersebut, para insinyur AMG di Affalterbach mengambil Mercedes-AMG CLE 53 sebagai basis teknis, kemudian melakukan perubahan menyeluruh terhadap struktur, dimensi bodi, material, hingga perlengkapan interior.
Pendekatan tersebut sekaligus menjelaskan arti Spezialanfertigung pada model ini. Kendaraan tidak berhenti pada proses produksi standar sebuah model seri, tetapi menjalani pengerjaan ulang secara manual di Affalterbach. Berbagai komponen produksi digantikan dengan solusi khusus yang dirancang mengikuti kebutuhan kendaraan ini. Karena itu, perubahan yang terlihat pada CLE 646 Spezialanfertigung bukan berdiri sendiri sebagai elemen desain, melainkan merupakan konsekuensi dari proses rekayasa yang mencakup keseluruhan kendaraan.
Salah satu hasil paling signifikan dari proses tersebut adalah pengurangan bobot sekitar 170 kilogram dibandingkan kendaraan basisnya. Upaya ini dilakukan melalui berbagai pendekatan sekaligus, mulai dari pemilihan material hingga pengurangan perlengkapan yang dianggap tidak memberikan kontribusi langsung terhadap tujuan kendaraan. Serat karbon digunakan pada sejumlah bagian utama bodi, sementara kaca samping belakang dan kaca belakang digantikan dengan material polycarbonate. Baterai starter 12 volt yang lebih ringan juga menjadi bagian dari upaya mengurangi massa kendaraan.
Struktur bodinya turut mengalami perubahan ekstensif. Mercedes-AMG memperkuat struktur kendaraan sekaligus memperbesar dimensinya untuk membentuk konfigurasi wide-body yang menjadi ciri utama CLE 646 Spezialanfertigung. Lebar kendaraan bertambah 60 milimeter pada bagian depan maupun belakang. Perubahan tersebut membutuhkan fender dengan dimensi baru serta struktur bodi yang disesuaikan agar mampu mengakomodasi konfigurasi kendaraan yang lebih lebar. Pada saat yang sama, tambahan penguatan dan roll-over bar terintegrasi meningkatkan kekakuan struktur bodi.
Material serat karbon kemudian digunakan secara luas pada bagian eksterior. Fender depan yang diperlebar menggunakan material tersebut dan memiliki saluran udara terintegrasi. Material serupa juga diterapkan pada apron depan, side sill panel, kap mesin dengan saluran udara di bagian tengah, atap, serta apron belakang yang dilengkapi diffuser khusus. Bagasi yang diperkuat dan spoiler belakang dengan dua penyangga berbentuk trapesium juga dibuat menggunakan serat karbon. Penggunaan material tersebut bukan hanya mengubah penampilan kendaraan, tetapi menjadi bagian dari pendekatan konstruksi yang berorientasi pada pengurangan massa.
Proporsi bodi yang baru membuat CLE 646 Spezialanfertigung memiliki tampilan yang berbeda secara fundamental dari CLE standar. Fender yang lebih lebar menyediakan ruang untuk konfigurasi roda dengan dimensi lebih besar, sementara perubahan pada apron, side sill, kap mesin, dan bagian belakang membentuk permukaan bodi yang secara khusus mengikuti kebutuhan kendaraan. Ekstensi tersebut juga membuat desain wide-body tidak sekadar menjadi aksesori visual yang ditempelkan pada bodi standar, karena struktur di baliknya ikut mengalami perubahan.
Bahasa desain kemudian diperkuat melalui kombinasi warna eksterior yang dibuat khusus. Bagian depan menggunakan Mojave Silver Magno, sedangkan area mulai dari pilar B hingga bagian belakang menggunakan Obsidian Black Magno. Logo AMG pada pintu pengemudi dan penumpang menjadi salah satu detail identitas pada bagian samping. Secara keseluruhan, kombinasi tersebut menegaskan perbedaan proporsi antara bagian depan dan belakang tanpa mengubah tujuan utama kendaraan sebagai sebuah proyek rekayasa khusus.
Perubahan konstruksi juga masuk ke dalam kabin. Kursi belakang dihilangkan, demikian pula sejumlah material peredam suara. Sistem audio dibuat lebih sederhana dan sejumlah perlengkapan kenyamanan dikurangi. Pendekatan tersebut memperlihatkan bagaimana pengurangan massa diterapkan tidak hanya pada komponen yang berada di luar kendaraan, tetapi juga pada bagian yang secara langsung berhubungan dengan pengalaman penggunaan sehari-hari. Bahkan sejumlah fitur bantuan dan perlengkapan lain yang tersedia pada kendaraan basis tidak lagi dipertahankan.
Lingkar kemudi AMG Performance juga mengikuti pendekatan tersebut. Dengan berkurangnya sejumlah mode berkendara dan sistem bantuan pengemudi, jumlah kontrol pada kemudi dapat dikurangi. Bagian yang bersentuhan langsung dengan pengemudi menggunakan material microfiber DINAMICA, sementara bagian bawah kemudi dibuat rata dengan inspirasi motorsport. Kursi bucket racing berkonstruksi ringan dengan dukungan lateral yang kuat menjadi perlengkapan standar, sedangkan panel pintu berbahan serat karbon melanjutkan tema konstruksi ringan hingga ke bagian interior.
Roll-over bar memiliki fungsi yang lebih luas dibandingkan sekadar elemen visual di belakang kursi depan. Komponen tersebut menjadi bagian dari struktur kendaraan dan membantu meningkatkan rigiditas torsional. Untuk kebutuhan yang lebih spesifik, Performance Package opsional menawarkan sabuk pengaman enam titik bagi pengemudi dan penumpang. Dengan demikian, interior CLE 646 Spezialanfertigung tidak dirancang untuk mempertahankan seluruh karakter kenyamanan sebuah coupé Mercedes-AMG konvensional, tetapi mengikuti kebutuhan kendaraan yang mengalami perubahan mendasar pada konstruksinya.
Seluruh pendekatan tersebut berpuncak pada proses pengerjaan manual di Affalterbach. Setiap unit Mercedes-AMG CLE 646 Spezialanfertigung dibuat berdasarkan platform CLE 53 dan menjalani rekonstruksi dengan standar manufaktur AMG. Pendekatan pengerjaan khusus ini meneruskan tradisi kendaraan eksklusif yang pernah menjadi bagian dari sejarah AMG, termasuk AMG 300 CE 6.0 “The Hammer”. Pada CLE 646 Spezialanfertigung, konsep tersebut diterapkan kembali melalui kendaraan yang sejak awal memang dirancang sebagai hasil pengerjaan khusus, bukan sekadar turunan produksi massal.
Sebagai bagian dari Mercedes-Benz Mythos Series, CLE 646 Spezialanfertigung juga memiliki batas produksi yang sangat ketat. Model ini hanya dibuat sebanyak 30 unit di seluruh dunia. Berbeda dengan Mercedes-AMG PureSpeed sebagai model pertama Mythos Series yang menggunakan konfigurasi dua kursi terbuka, CLE 646 Spezialanfertigung mempertahankan bentuk coupé dan dapat digunakan secara legal di jalan raya. Seluruh unit bahkan telah terjual sebelum model ini diperkenalkan secara resmi kepada publik. 
